使用mvabund包manyglm函数指定Gamma(log链接)时遇错误求助

问题描述 #

我尝试用mvabund包的manyglm函数，检验三个实验因子对多变量响应数据集的影响：响应变量是同一实验单元测得的5个正连续数值变量，解释变量为因子。

运行代码 #

data1 <- read.csv("example_data1.csv") %>%
  column_to_rownames(var = "obs") %>%
  as.matrix()
data2 <- read.csv("example_data2.csv")

set.seed(210)
mod1 <- manyglm(data1 ~ factor1 * factor2 * factor3,
                family = Gamma(link = "log"),
                data = data2
)

报错内容 #

Error in if (any(z$var.est == 0)) { :
missing value where TRUE/FALSE needed

相关细节 #

• 所有单变量glm模型（针对单个响应变量）运行正常，示例代码：

  model <- glm(variable1 ~ factor1 * factor2 * factor3, family = Gamma(link = "log"), data = data)
  

• 怀疑该问题与mvabund已知的参数估计问题相关
• 负二项、泊松分布可正常运行，但不符合我的数据特征；尝试过tweedie分布，但CRAN文档显示mvabund不支持该分布
• 单独测试各因子后，发现factor2可能是引发报错的根源

内容的提问来源于stack exchange，提问作者NJ Oram