运行MutMap持续出现bwa not found错误的原因及解决方法问询

克隆MutMap后运行时出现bwa not found错误，尝试在本地目录克隆编译BWA、通过pip安装bwa包后问题依旧，命令行输出如下：

(base) tpl@z4-HP-Z4-G4-WORKSTATION:~/mutmap-git/MutMap/mutmap$ pip install bwa
Requirement already satisfied: bwa in /home/tpl/anaconda3/lib/python3.9/site-packages (1.1.1)
Requirement already satisfied: yagmail>=0.11.214 in /home/tpl/anaconda3/lib/python3.9/site-packages (from bwa) (0.15.293)
Requirement already satisfied: python-telegram-bot in /home/tpl/anaconda3/lib/python3.9/site-packages (from bwa) (20.5)
# 省略其他依赖输出
(base) tpl@z4-HP-Z4-G4-WORKSTATION:~/mutmap-git/MutMap/mutmap$ mutmap -reference_fasta.fasta -c bam_of_Sp-R.bam -b bam_of_f2R.bam -n 50 -o output1
[MutMap:2023-09-25 13:25:24] start to run MutMap.
[MutMap:2023-09-25 13:25:24] maximum number of threads which you can use is up to 8.
[MutMap:2023-09-25 13:25:24] start to index reference fasta.
[MutMap:2023-09-25 13:25:24] !!ERROR!! bwa index output1/10_ref/eference_fasta.fasta >> output1/log/bwa.log 2>&1

please check below:

/bin/sh: 1: bwa: not found

1. pip安装的是同名无关包：你通过pip install bwa安装的不是生物信息学用于序列比对的BWA工具，而是一个同名的Python包（功能为邮件、电报通知相关，和序列分析完全无关），无法提供MutMap需要的bwa命令。
2. 本地编译的BWA未加入环境变量：你在MutMap目录下克隆编译的BWA可执行文件，默认不在系统PATH环境变量中，shell执行bwa命令时找不到它。
3. 命令参数格式错误：你使用的-reference_fasta.fasta参数格式不符合MutMap要求，正确的参考基因组选项是-r，错误写法导致MutMap解析出了错误的参考序列路径（从错误日志里的eference_fasta.fasta可看出参数被错误拆分）。

1. 卸载错误的pip包 #

执行以下命令移除无关的bwa包：

pip uninstall -y bwa

2. 正确配置本地编译的BWA #

• 进入你克隆的BWA目录，确保完成编译：

  cd /path/to/your/cloned/bwa
  make clean && make
  

• 将BWA可执行文件所在目录加入系统PATH：

  # 临时生效，当前终端会话有效
  export PATH=$(pwd):$PATH
  

  若要永久生效，将上述命令添加到你的shell配置文件（如~/.bashrc或~/.zshrc），再执行source ~/.bashrc（对应你的配置文件）使修改生效。
• 验证配置：在终端输入bwa，若能显示BWA的帮助信息，说明配置成功。

3. 修正MutMap的运行命令 #

将错误的参数格式修正为MutMap要求的写法，参考基因组使用-r选项：

mutmap -r reference_fasta.fasta -c bam_of_Sp-R.bam -b bam_of_f2R.bam -n 50 -o output1

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Muhammad Aqeel Sarwar