R包rohproc添加数据集报错:'HGDP_hom'非导出对象
解决R包中数据集未导出的错误
1. 修正数据集文档注释格式
确保/scripts/data.R中的注释针对HGDP_hom,且包含必要的roxygen标签,关键是要添加@export标签来触发命名空间导出:
#' HGDP人群ROH分析示例数据集 #' #' 存储HGDP人群的ROH片段信息,用于包内函数的示例演示 #' #' @format 一个data.frame,包含字段: #' \describe{ #' \item{ID}{样本唯一标识} #' \item{CHR}{染色体编号} #' \item{START}{ROH片段起始位置} #' \item{END}{ROH片段结束位置} #' } #' @source HGDP公开数据集处理得到 #' @export "HGDP_hom"
注意最后一行的"HGDP_hom"是必须的,用来指定生成文档的目标对象。
2. 验证数据集文件正确性
确认HGDP_hom.rda确实存放在rohproc/data/目录下,且文件内的对象名称就是HGDP_hom——可以在R中执行load("rohproc/data/HGDP_hom.rda"),检查环境中是否出现该对象。
3. 重新生成文档与命名空间
清理旧的文档文件后,重新执行roxygen2生成命令:
devtools::document() # 或直接调用roxygen2::roxygenise()
执行完成后检查NAMESPACE文件,应出现export(HGDP_hom)一行,说明数据集已成功导出。此时函数示例中的roh_summ_id(HGDP_hom)就能正常调用。
额外提示
如果使用devtools管理包,推荐用devtools::use_data(HGDP_hom)自动生成数据集文件,它会帮你完成文件放置、命名空间配置等基础工作,减少手动操作的出错概率。
内容的提问来源于stack exchange,提问作者Francisco
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