使用Tibanna在AWS运行Snakemake时samples.tsv文件缺失问题求助

方法1：通过Snakemake全局文件追踪实现自动同步 #

在Snakefile中添加全局依赖规则，让Snakemake自动将samples.tsv纳入文件管理流程，Tibanna会随之同步该文件到EC2实例：

# 在Snakefile开头读取样本文件（如果业务逻辑需要）
import pandas as pd
global_samples = pd.read_csv("samples.tsv", sep="\t")

# 添加用于追踪samples.tsv的本地规则
localrule track_samples:
    input: "samples.tsv"

# 修改rule all，关联追踪规则
rule all:
    input:
        # 保留原有业务规则的输出文件
        "final_result.txt",
        # 绑定样本文件追踪规则
        rules.track_samples.input

这种方式无需修改现有业务规则，仅通过全局依赖触发文件同步。

方法2：配置Tibanna的extra_files参数 #

直接在Tibanna配置文件（如tibanna_config.yaml）中指定需要同步的额外文件：

extra_files:
  - samples.tsv

Tibanna启动EC2实例时，会自动将该文件从本地（或指定S3路径）复制到实例工作目录，无需改动Snakemake代码。

方法3：修复--precommand的路径问题 #

如果之前用--precommand失败，大概率是路径或执行时机问题，尝试指定绝对路径并确保S3权限正确：

tibanna run --precommand 'aws s3 cp s3://<你的存储桶路径>/samples.tsv /home/ec2-user/workdir/'

注意：EC2实例的IAM角色必须具备对应S3桶的GetObject权限，否则会出现复制失败。

排查要点 #

• 确认本地工作目录下确实存在samples.tsv，Tibanna默认同步当前工作目录的文件
• 查看Tibanna运行日志，检查是否有文件复制的报错信息（如权限拒绝、路径不存在）

内容的提问来源于stack exchange，提问作者laurentius