复杂对比中系数顺序正确性及规则咨询（R语言emmeans）

1. 你的系数设置不正确 #

你当前的系数c(0, .5, -.5, 0, .5, -5)存在笔误：sunflower对应的最后一个系数写成了-5，这会导致对比逻辑完全错误。要实现「豆类饲料（horsebean、soybean）均值 vs 籽类饲料（linseed、sunflower）均值」的对比，正确的系数规则是：

• 不需要纳入对比的组（casein、meatmeal）系数设为0
• 豆类的两个组各赋予正权重，权重总和为1（两个组各0.5即可）
• 籽类的两个组各赋予负权重，权重总和为-1（两个组各-0.5即可）

正确的系数应该是：

c.weights1 <- c(0, 0.5, -0.5, 0, 0.5, -0.5)

2. 系数顺序的决定因素 #

系数的顺序完全由你设定的feed因子的水平顺序决定，也就是你通过factor()函数指定的labels参数的排序：c('casein', 'horsebean', 'linseed', 'meatmeal', 'soybean', 'sunflower')，系数向量的第1到第6位，会和这个顺序一一对应。

3. 系数顺序确实遵循你设定的因子标签顺序 #

是的，你用factor(chickwts$feed, labels = ...)指定的标签顺序，就是emmeans识别系数对应组的依据。如果不确定，随时可以用levels(chickwts$feed)命令确认当前因子的水平顺序，确保系数和组的对应关系准确。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Hung