求助：如何在R中读取Open Science Framework存储的.rds文件？

我尝试打开存储在Open Science Framework上的一个.rds文件（标识为4z7mb），希望在R中打开它，但尝试了三种方法都失败了，请问有人成功打开过这类文件吗？

尝试1：使用osfr包的函数 #

library(osfr)
test <- osf_retrieve_file("4z7mb") %>% osf_download()

报错信息：

Error: Authentication credentials were not provided.
HTTP status code 401.

尝试2：参考ResearchGate上的方法 #

require("httr")
url <- "https://osf.io/4z7mb//?action=download"
filename <- "AtlanticSalmonMeanForkLength.rds"
GET(url, write_disk(filename, overwrite = TRUE))
test <- readRDS(filename)

报错信息：

Error in readRDS(filename) : unknown input format

尝试3：参考Stack Overflow上的类似问答 #

osfURL <- ("https://osf.io/4z7mb//?action=download")
download.file(osfURL,"AtlanticSalmonMeanForkLength.rds", method = "curl")
test <- readRDS("AtlanticSalmonMeanForkLength.rds")

报错信息：

Error in readRDS("AtlanticSalmonMeanForkLength.rds") :
unknown input format

解决方法 #

1. 修正URL后直接下载（核心问题：错误的URL导致下载了网页而非文件）

你尝试的方法2和3中，URL包含双斜杠（//?action=download），这会导致下载的是OSF的网页而非实际的.rds文件，因此readRDS无法识别格式。使用修正后的URL即可解决：

# 方法A：使用download.file
osfURL <- "https://osf.io/4z7mb/download"
download.file(osfURL, "AtlanticSalmonMeanForkLength.rds", method = "auto")
test <- readRDS("AtlanticSalmonMeanForkLength.rds")

# 方法B：使用httr包
library(httr)
url <- "https://osf.io/4z7mb/download"
filename <- "AtlanticSalmonMeanForkLength.rds"
GET(url, write_disk(filename, overwrite = TRUE))
test <- readRDS(filename)

2. 解决osfr包的认证问题

如果文件需要授权访问，或者osfr包版本过低导致认证报错，按以下步骤处理：

• 更新osfr到最新版本：

  install.packages("osfr")
  

• 完成OSF认证（按提示登录你的OSF账号）：

  library(osfr)
  osf_auth()
  

• 重新下载文件：

  test_file <- osf_retrieve_file("4z7mb") %>% osf_download(path = ".", overwrite = TRUE)
  test <- readRDS(test_file$local_path)
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者tnt