Nextflow流程中Shell命令段的注释符号咨询
Nextflow流程Script段Shell命令的注释符号
在Nextflow的script:段中,三重引号包裹的内容是Shell可执行代码,因此必须使用Shell的注释符号:#
修改后的示例代码:
process A_MSC { tag "${ comp_id }" label (params.LABEL) publishDir params.OUTPUT, mode: 'copy' input: file(reference) output: tuple val(comp_id), path("*.{gz,npy}"), emit: plots script: """ echo "===========================" # 这里添加你的注释内容 echo "Need a comment here" """ }
说明:
- 这段被三重引号包裹的代码会被Nextflow直接传递给系统Shell解释执行,Shell仅识别
#作为单行注释的标记。 - 如果使用
//或/* */这类Nextflow/Groovy语法的注释符号,会被Shell当作无效命令处理,进而导致流程执行失败。
内容的提问来源于stack exchange,提问作者statistician_in_training
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