为何在R控制台可成功运行的代码在Rmarkdown代码块中返回‘Error: Incomplete Expression’错误？

这问题我之前处理过好几次，本质是R Markdown的knitr解析器和R控制台对多行代码的解析规则不一样！

你在控制台运行没问题，是因为R控制台对跨行的管道操作(%>%)容错性很高，会自动识别后续行属于同一个表达式；但knitr在编译Rmd的时候，对代码的换行格式更严格——如果你的%>%在行尾，有时候解析器会误判这是一个不完整的表达式，直接抛出错误。

给你两个靠谱的解决办法：

1. 把管道操作和后续方法写在同一行
   调整后的代码如下：

   library(plotly)
   fig <- plot_ly(Data, x=~x1, y=~x2, z=~x3, color=~y, colors=c("darkblue","darkred")) %>% add_markers(size=1)
   fig
   

2. 保持换行但规范缩进
   如果想保持代码可读性换行写，确保%>%留在行尾，并且后续代码行有正确的缩进（一般用2或4个空格），knitr就能正确识别了：

   library(plotly)
   fig <- plot_ly(Data, x=~x1, y=~x2, z=~x3, color=~y, colors=c("darkblue","darkred")) %>% 
     add_markers(size=1)
   fig
   

另外，偶尔也可能是R会话缓存的小问题，要是上面的方法没用，试试重启R会话后再重新编译你的Rmd文件，基本就能解决了。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Paw in Data