部署R Shiny应用时randomForestSRC库加载失败问题求助

Shiny应用使用randomForestSRC库，本地运行正常，但上传至手动部署的在线服务器时，加载该库出现以下错误：

su: ignore --preserve-environment, it's mutually exclusive to --login.
Warning: package ‘randomForestSRC’ was built under R version 4.3.1
Error: package or namespace load failed for ‘randomForestSRC’ in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]):
 namespace ‘htmltools’ 0.5.2 is already loaded, but >= 0.5.4 is required
Execution halted

系统显示已加载旧版本htmltools，但已安装最新版本。单独加载htmltools时出现以下错误：

su: ignore --preserve-environment, it's mutually exclusive to --login.
Warning: package ‘htmltools’ was built under R version 4.3.0
Error in value[[3L]](cond) : 
  Package ‘htmltools’ version 0.5.2 cannot be unloaded:
 Error in unloadNamespace(package) : namespace ‘htmltools’ is imported by ‘shiny’ so cannot be unloaded
Calls: runApp ... tryCatch -> tryCatchList -> tryCatchOne -> <Anonymous>
Execution halted

已安装最新版shiny及shinydashboard、shinyjs、shinycssloaders等依赖库，本地无冲突，但服务器端出现版本依赖问题，需排查思路。

排查思路 #

• 核对本地与服务器的R版本：randomForestSRC、htmltools等库是基于特定R版本编译的，服务器R版本过低可能引发兼容问题。执行R --version对比两端版本，若服务器版本落后，升级服务器R版本。
• 检查服务器库路径优先级：服务器可能存在多套R库路径，旧版库可能在系统默认路径，而你安装的新版在自定义路径。运行.libPaths()查看加载顺序，确保自定义路径优先级更高；或获取管理员权限，将新版库安装到系统默认路径。
• 强制重装所有关联库：在服务器上彻底卸载旧版相关库，再重新安装最新版，避免残留文件干扰：

  # 卸载旧库
  remove.packages(c("htmltools", "shiny", "shinydashboard", "shinyjs", "shinycssloaders", "randomForestSRC"))
  # 重新安装最新版
  install.packages(c("htmltools", "shiny", "shinydashboard", "shinyjs", "shinycssloaders", "randomForestSRC"))
  

  注意：卸载前确认无其他应用依赖这些旧库，防止影响其他服务。
• 排查服务器启动脚本与全局配置：部署启动脚本或服务器全局R配置文件（如~/.Rprofile、/etc/R/Rprofile.site）可能自动加载旧版shiny或htmltools。检查这些文件，移除自动加载旧库的配置，确保应用启动时优先加载新版库。
• 用独立环境隔离依赖：使用renv为该Shiny应用创建独立R库环境，避免与服务器全局库冲突：
  1. 本地项目中执行renv::init()初始化环境
  2. 安装所有依赖后执行renv::snapshot()锁定版本
  3. 将renv文件夹与项目文件一同上传至服务器
  4. 服务器端执行renv::restore()恢复依赖环境，再启动应用
• 验证服务器库的实际版本：在服务器R终端执行以下命令，确认安装的库版本是否符合预期：

  packageVersion("htmltools")
  packageVersion("shiny")
  packageVersion("randomForestSRC")
  

  若显示旧版，说明安装未生效，需检查安装命令输出是否有错误，或是否具备库路径写入权限。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Dan W