如何使用gghighlight添加两个高亮图层？蓝点被覆盖问题求助

问题原因 #

每次调用gghighlight()时，会自动筛选ggplot的数据，仅保留符合当前条件的行。后续的图层（包括第二次gghighlight和geom_point）都会基于这个筛选后的数据绘制，导致第一次的蓝色高亮数据被覆盖，最终只显示第二次筛选的绿色点。

解决方案 #

推荐两种更可靠的实现方式：

方式一：直接针对子集添加geom_point（无需gghighlight）

跳过gghighlight的自动筛选，手动指定每个高亮组的数据子集，分别添加点图层：

p$sp <- p$sp +
  # 绘制蓝色高亮点：pw处于前5%且fst处于前5%
  geom_point(
    data = subset(pw.fpi, pw > quantile(pw.fpi$pw, 0.95) & fst > quantile(pw.fpi$fst, 0.95)),
    color = "blue", size = 1
  ) +
  # 绘制绿色高亮点：pw处于后5%且fst处于前5%
  geom_point(
    data = subset(pw.fpi, pw < quantile(pw.fpi$pw, 0.05) & fst > quantile(pw.fpi$fst, 0.95)),
    color = "green", size = 1
  )

方式二：用一次gghighlight结合分组变量

先给数据添加分组标识，再通过颜色映射区分两类高亮：

# 先给数据添加高亮分组列
pw.fpi$highlight_group <- dplyr::case_when(
  pw > quantile(pw.fpi$pw, 0.95) & fst > quantile(pw.fpi$fst, 0.95) ~ "blue",
  pw < quantile(pw.fpi$pw, 0.05) & fst > quantile(pw.fpi$fst, 0.95) ~ "green",
  TRUE ~ NA_character_ # 非高亮组设为NA
)

# 绘制高亮点
p$sp <- p$sp +
  geom_point(aes(color = highlight_group), size = 1) +
  gghighlight(!is.na(highlight_group)) + # 仅高亮非NA的分组
  scale_color_manual(values = c("blue" = "blue", "green" = "green")) # 自定义颜色映射

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Chenfei Zheng