R Markdown生成HTML文件时目录（TOC）不显示的问题排查

核心排查与修复步骤 #

1. 标题区域格式干扰 #

你当前YAML头部的标题采用了多行带图片的写法，这会破坏R Markdown对顶级标题的识别逻辑，直接导致目录无法生成。需要拆分标题和图片：

修正后的YAML头部：

---
title: "NVH"
author: "CADV"
date: Base do dia **29/09/2023**
output: 
  html_document:
    toc: TRUE
    toc_float: TRUE
---

然后在文档正文开头单独插入图片：

<center>
![](https://sigaenf.subpav.org/sites/default/files/inline-images/Logo_SMS_2022b.png){width=400px}
</center>

2. Tabset对目录的影响 #

{ .tabset .tabset-pills} 不会导致浮动目录消失，但它会将该层级下的子标题（比如### Sexo）收纳到标签页中，这些子标题不会出现在目录里。如果你的文档只有Tabset包裹的内容，目录会看起来是空的——只要添加非Tabset的二级标题，目录就会正常显示内容。

3. CSS冲突验证 #

你自定义的CSS仅设置了h1、h4居中，一般不会影响目录，但可以暂时注释掉CSS代码，重新编织文档，确认是否是样式导致目录被隐藏。

完整修正代码示例 #

/* 先注释验证，确认后可恢复
h1, h4 {
  text-align: center;
}
*/

---
title: "NVH"
author: "CADV"
date: Base do dia **29/09/2023**
output: 
  html_document:
    toc: TRUE
    toc_float: TRUE
---

<center>
![](https://sigaenf.subpav.org/sites/default/files/inline-images/Logo_SMS_2022b.png){width=400px}
</center>

## 数据概览
（添加非Tabset的二级标题，确保目录有可显示的内容）

## Indicadores { .tabset .tabset-pills}

### Sexo

```{r, echo=FALSE, message=FALSE, warning=FALSE}
library(dplyr)
library(ggplot2)
library(plotly)

# 假设dados为已加载的数据集
sexo <- dados %>%
  group_by(sexo, anoobito) %>%
  tally %>%
  filter(sexo != "IGNORADO") %>%
  mutate(anoobito = as.character(anoobito)) %>%
  rename("Sexo" = "sexo")


p <- ggplot(sexo, aes(x = anoobito, y = n, group = Sexo)) +
  geom_line(aes(color = Sexo), size = 2) +
  geom_point(aes(color = Sexo), size = 3) +
  theme_minimal(base_size = 15) +
  scale_y_continuous(limits = c(0,1200), expand = expansion(mult = c(0, .1))) +
  theme(legend.position = "bottom",
        axis.line = element_line(colour = "black"),
        axis.text.x=element_text(colour="black"), axis.text.y=element_text(colour="black")) +
  labs(
    x = "Ano do Óbito",
    y = "Número de Óbitos") 

ggplotly(p)

### 关键总结
- 标题区域的多行图片格式是目录不生成的核心原因，调整后即可恢复。
- Tabset仅隐藏下属子标题，不会影响目录本身的显示状态。
- 若问题仍存在，可逐步排查依赖包缺失、R版本兼容等其他因素。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Lana Meijinhos