如何在ggplot发散图中保留自定义基因排序？

问题核心是你绘图时用了reorder(gen, RQ_gapdh)，这个函数会根据RQ_gapdh的数值重新排序x轴基因，直接覆盖了你之前设置的因子顺序。要保留自定义顺序，按以下步骤修改：

1. 正确设置因子的自定义顺序 #

无需手动排序数据框，转换因子时直接指定levels参数为你的自定义基因顺序即可：

genes_order <- c("ABCA1","ABCG1","NR1H2","NR1H3","PPARA",
                 "PPARD","PPARG","RXRA","RXRB")

# 转换为因子并锁定自定义顺序
df_plot2$gen <- factor(df_plot2$gen, levels = genes_order)

2. 修改绘图代码，移除reorder函数 #

绘图时x轴直接使用gen，不再用reorder干扰顺序：

p1 <- ggplot(data = df_plot2, aes(x = gen, y = RQ_gapdh, ymin = after_scale(1), fill = Color)) +  
  geom_bar(stat = "identity", width=.5)+
  labs(x = "Genes", y = expression(2^-ddCt~"value"),
       title = "Gene expression",
       subtitle = "1 year post-intervention")+
  guides(fill = FALSE) +
  coord_flip()+
  facet_wrap(~grup_int, labeller = labeller(grup_int = c("1" = "Olive oil", "2" = "Nuts", "3" = "Low-fat diet")))

补充说明：

• 原代码里的subtitles参数应为subtitle（单数），否则副标题无法正常显示
• 用expression()能正确渲染2^-ddCt的数学格式，避免显示为纯文本字符串

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Javier Hernando