如何配置Nextflow的splitCsv按任意空白字符分割?
解决Nextflow脚本中按任意空白字符分割样本表的问题
原脚本:
workflow parse_sample { take: samplesheet // file: /path/to/samplesheet.csv main: Channel.fromPath( samplesheet ) .splitCsv ( header:true, sep:'\t' ) .map { create_fastq_channel(it) } // [test1, [stlfr1, stlfr2, pf1, pf2]] //.view() .set { reads } emit: reads }
问题:当前脚本仅按制表符分割样本表,如何修改使其支持按任意空白字符(制表符、单个或多个空格等)分割?
只需修改splitCsv操作的sep参数为正则表达式/\s+/即可:
\s匹配任意空白字符(包括空格、制表符、换页符等)+表示匹配一个或多个连续的空白字符
修改后的完整脚本:
workflow parse_sample { take: samplesheet // file: /path/to/samplesheet.csv main: Channel.fromPath( samplesheet ) .splitCsv ( header:true, sep:/\s+/ ) .map { create_fastq_channel(it) } // [test1, [stlfr1, stlfr2, pf1, pf2]] //.view() .set { reads } emit: reads }
内容的提问来源于stack exchange,提问作者Calli
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