如何在GLMMadaptive的mixed_model函数中指定两个随机截距?
双随机截距二项式模型的GLMMadaptive实现
核心写法说明
GLMMadaptive包的mixed_model函数中,多随机截距项需通过公式加法形式指定,而非列表格式。正确语法是将每个随机截距的公式用+连接,格式为~1|分组变量1 + ~1|分组变量2。
完整代码示例
假设你要添加的第二个随机截距分组变量为Condition,代码如下:
# 拟合双随机截距模型 m3_two_random <- mixed_model( fixed = cbind(resp, N-resp) ~ 1, random = ~1|Subject + ~1|Condition, # 此处添加第二个随机截距项 data = df, family = binomial(link = "probit") ) # 计算边际系数及标准误 M_adp_two <- marginal_coefs(m3_two_random, std_errors = TRUE, cores = 5) # 转换为概率尺度的置信区间 pnorm(confint(M_adp_two))
关键注意点
- 确保数据框
df中存在Subject和目标第二个分组变量(如示例中的Condition),且变量为因子类型(字符型可通过as.factor()转换)。 - 若两个随机效应为嵌套结构(如Condition嵌套在Subject下),则语法应为
~1|Subject/Condition,而非加法形式。
内容的提问来源于stack exchange,提问作者Farzin Shamloo
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