如何在R的heatmap()中控制X轴标签：解决截断与旋转问题

原生base R的heatmap()函数没有直接提供旋转X轴（列）标签的参数，默认会截断长标签。不过可以通过以下两种方式解决：

方法一：手动添加旋转后的标签（原生R实现） #

先绘制热图时隐藏默认列标签，再用mtext()手动添加带旋转角度的标签：

x <- c(13,12,7,5,2,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0)
y <- c(0,0,0,0,0,12,9,9,7,5,4,4,2,0,0,0,0,0,0,0)
z <- c(0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,5,3,1)

m <- matrix(c(x, y, z), ncol = 3)
col_labels <- c("Brassica oleracea var italia", "Brassica oleracea var capitata", "Cynara cardunculus var scolymus")

# 绘制热图，隐藏默认列标签
heatmap(m, Rowv = NA, Colv = NA, scale = "none", colnames = NA, cexCol = 0.5)

# 添加45度旋转的列标签，调整位置避免截断
mtext(col_labels, side = 3, line = 2, at = seq(0.15, 0.85, length.out = length(col_labels)), 
      srt = 45, cex = 0.5)

• side = 3 指定标签放在顶部（对应原heatmap的列标签位置）
• srt = 45 设置标签旋转45度，如需垂直旋转可改用las = 2
• at 参数控制每个标签的水平位置，需根据列数调整序列范围

方法二：使用第三方包简化操作 #

如果不想手动调整位置，可以使用gplots包的heatmap.2()函数，它直接支持srtCol参数设置列标签旋转角度：

install.packages("gplots") # 首次使用需安装
library(gplots)

heatmap.2(m, Rowv = NA, Colv = NA, scale = "none", cexCol = 0.5, srtCol = 45)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user237554