Podman容器中Snakemake调用Conda环境执行命令失败求助

问题原因 #

错误里的source: not found是因为Podman容器默认使用dash作为/bin/sh，而source是Bash的内置命令，dash不支持（dash中对应命令是.）。Snakemake激活Conda环境时默认用source，导致激活失败，进而找不到fasterq-dump命令。

解决方法 #

方法1：强制Snakemake使用Bash执行shell命令 #

在Snakefile中为目标rule指定Bash作为执行shell，修改后的rule如下：

rule download:
    output:
        "out/SRR12346784.fastq"
    conda: 
        "/home/keks/app/conda_env.yml"
    shell:
        "/bin/bash -c 'fasterq-dump --split-files --outdir out SRR12346784'"

或者全局设置所有rule使用Bash，在Snakefile开头添加：

shell: "/bin/bash"

方法2：直接调用Conda环境内命令的绝对路径 #

既然已经知道Snakemake生成的Conda环境路径，直接使用该路径下的fasterq-dump：

rule download:
    output:
        "out/SRR12346784.fastq"
    conda: 
        "/home/keks/app/conda_env.yml"
    shell:
        """
        /home/keks/app/.snakemake/conda/6a57ef84/bin/fasterq-dump --split-files --outdir out SRR12346784
        """

注意：该路径是Snakemake根据环境配置生成的哈希路径，若修改conda_env.yml，路径会变化，仅适合临时测试。

方法3：修改Podman容器默认Shell为Bash #

启动Podman容器时，指定默认Shell为Bash：

podman run --entrypoint /bin/bash -it [你的镜像名]

这样容器内/bin/sh会指向Bash，Snakemake的source命令就能正常执行。

方法4：升级Snakemake版本 #

部分旧版本Snakemake在处理非Bash的Shell时存在兼容问题，升级到最新稳定版可能解决该问题：

conda install -c bioconda snakemake --update-all

内容的提问来源于stack exchange，提问作者kEks