没问题，这其实是个很常见的需求，我给你提供两种亲测有效的方法：

方法1：直接使用pheatmap的fontfamily参数（推荐） #

pheatmap函数本身就支持通过fontfamily参数指定所有文本元素（行名、列名、图例文字等）的字体族，这是最直接的方式。只需要在调用pheatmap时加上这个参数即可：

# 生成你的示例数据
d <- data.frame(
  c(runif(5, min=0, max = 5)), 
  c(runif(5, min=0, max = 5)), 
  c(runif(5, min=0, max = 5)), 
  row.names = c("gene1", "gene2", "gene3", "gene4", "gene5")
)
colnames(d) <- c("Day 1", "Day 2", "Day3")

# 修改字体为Times New Roman
pheatmap(d, fontfamily = "Times New Roman")

方法2：全局设置绘图字体（备选） #

如果方法1在你的环境中不生效（比如系统字体名不匹配），可以先通过par()函数全局设置绘图字体，再绘制热图：

# 全局设置字体族
par(family = "Times New Roman")
# 绘制热图
pheatmap(d)

注意事项 #

• Windows/macOS用户：通常直接使用"Times New Roman"作为字体名就能生效，前提是你的系统已经安装了该字体（这是系统默认字体，一般都有）。
• Linux用户：如果系统没有预装Times New Roman，你需要先安装对应的字体包。比如在Debian/Ubuntu系统中，可以运行以下命令安装兼容字体：

  sudo apt install fonts-liberation
  

  之后可以用"Liberation Serif"作为字体名替代"Times New Roman"，效果几乎一致。
• 如果不确定系统可用的字体名，可以用以下命令查看：
  • Windows：windowsFonts()
  • Linux：X11Fonts()
  • macOS：quartzFonts()

内容的提问来源于stack exchange，提问作者stephany