如何用sed替换文本中;与[之间的逗号为空格？

需求说明 #

我想用sed工具把文本文件中位于;和[之间的所有逗号替换成空格。
示例输入行：

K01810,GPI,,pgi;,glucose-6-phosphate,isomerase,[EC:5.3.1.9]

期望输出：

K01810,GPI,,pgi; glucose-6-phosphate isomerase [EC:5.3.1.9]

我试过执行命令：

sed 's/;\(.*\)\[/;\1[/g' myfile.txt > newfile

但文件内容完全没变化。以下是myfile.txt的内容：

09100,Metabolism
09101,Carbohydrate,metabolism
00010,Glycolysis,/,Gluconeogenesis,[PATH:ko00010]
K00844,HK;,hexokinase,[EC:2.7.1.1]
K12407,GCK;,glucokinase,[EC:2.7.1.2]
K00845,glk;,glucokinase,[EC:2.7.1.2]
K25026,glk;,glucokinase,[EC:2.7.1.2]
K01810,GPI,,pgi;,glucose-6-phosphate,isomerase,[EC:5.3.1.9]
K06859,pgi1;,glucose-6-phosphate,isomerase,,archaeal,[EC:5.3.1.9]
K13810,tal-pgi;,transaldolase,/,glucose-6-phosphate,isomerase,[EC:2.2.1.2,5.3.1.9]
K15916,pgi-pmi;,glucose/mannose-6-phosphate,isomerase,[EC:5.3.1.9,5.3.1.8]
K24182,PFK9;,6-phosphofructokinase,[EC:2.7.1.11]
K00850,pfkA,,PFK;,6-phosphofructokinase,1,[EC:2.7.1.11]
K16370,pfkB;,6-phosphofructokinase,2,[EC:2.7.1.11]

问题原因 #

你之前的sed命令只是匹配了;到[之间的内容并原样放回，根本没有处理逗号，所以文件内容不会有任何变化。

解决方案 #

sed默认只能单次匹配替换，要处理一段范围内的所有目标字符，需要用循环替换的方式，执行以下命令即可：

sed ':loop s/;\([^,\[]*\),/\1 /; t loop' myfile.txt > newfile

如果是GNU sed（Linux系统常用），可以用更简洁的扩展正则写法：

sed -E ':loop s/;([^,\[]*),/\1 /; t loop' myfile.txt > newfile

命令解释 #

• :loop：定义一个循环标签，用于后续跳转重复操作
• s/;\([^,\[]*\),/\1 /：匹配;开头，后面跟着既不是逗号也不是[的内容，再跟上一个逗号，把这个逗号替换成空格。每次只处理;到[之间的一个逗号
• t loop：如果上一次替换操作成功，就跳回loop标签继续循环，直到这段范围内没有逗号为止

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Geomicro