如何编写支持文件与标准输入（stdin）读取的脚本？以及让NCBI BLAST+的blastn脚本读取stdin输入的替代方案

嘿，这个问题问得很实用！我来分两部分给你拆解：先讲通用脚本怎么实现同时支持文件和stdin输入，再针对blastn的场景给你具体的解决方案。

一、通用脚本的实现逻辑 #

不管是写Shell脚本还是Python这类脚本，核心思路都是先检查是否传入了文件参数：

• 如果有指定文件名，就从该文件读取内容；
• 如果没有参数（或者参数是-），就切换到标准输入（stdin）读取。

给你举两个常用的例子：

Shell脚本示例 #

#!/bin/bash
# 简化版：用参数展开处理，${1:--}表示如果$1不存在就用"-"
cat "${1:--}"

这个脚本既可以接受文件名参数（比如./script.sh input.txt），也可以直接从stdin读取（比如echo "test" | ./script.sh），完全符合你的需求。

Python脚本示例 #

import sys

def get_input_content():
    # 检查命令行是否传入文件名
    if len(sys.argv) > 1:
        with open(sys.argv[1], 'r') as input_file:
            return input_file.read()
    # 没有传入文件就从stdin读取
    return sys.stdin.read()

if __name__ == "__main__":
    content = get_input_content()
    # 这里可以写后续处理逻辑
    print(content)

二、针对blastn的具体解决方案 #

其实blastn并没有你想的那么“死板”，它遵循Unix工具的通用约定，有好几种不用临时文件的方法：

方法1：用-作为查询文件参数 #

直接把查询序列通过管道传给blastn，然后用-query -指定从stdin读取查询内容：

# 示例：传递FASTA格式的序列
echo ">my_query\nATCGATCGATCGAGCTAGCT" | blastn -query - -db your_target_database

这里的-query -就是告诉blastn：“我的查询序列来自标准输入”，完美替代临时文件。

方法2：用进程替换（Process Substitution） #

如果你需要把字符串“伪装”成文件传给blastn，bash的进程替换功能很有用——它会创建一个临时伪文件（不会写到磁盘）：

blastn -query <(echo ">my_query\nATCGATCGATCGAGCTAGCT") -db your_target_database

这种方式看起来像是给blastn传了一个真实文件名，但内容其实是实时生成的，非常适合这类需要文件名参数的工具。

方法3：用Here-Document直接传入 #

如果你的序列内容比较长，还可以用here-document的方式直接把内容重定向给blastn：

blastn -db your_target_database << EOF
>my_query
ATCGATCGATCGAGCTAGCT
GGATCCGGATCCGGATCC
EOF

这种写法不需要额外的管道，直接在命令行里写序列内容，非常直观。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者BallLightning