Violin Plot展示数据点多于对应数据集的技术求助

我第一次发帖，希望给出的信息足够排查问题。我用R脚本绘制了传粉者密度（Sum_num）与样带轮次（Transect_nr.y）、**蜂箱（Hives）**的小提琴图，但发现图中显示的数据点比所使用的数据集all_combinations中的实际数据点多。举个例子：在无蜂箱、样带轮次2的蜜蜂组别里，数据集仅有7个数据点，但图里却显示了8个（其中包含一个数值约185的浅色黑点）。

我已经附上绘图脚本及数据集截图，想请教这个问题的原因——是不是我的绘图脚本存在问题？

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Klara Har