Singularity容器中Mamba创建Python3.6环境后版本异常问题排查

你的问题核心是conda/mamba环境激活方式错误，导致创建的Python3.6环境未被正确启用，仍使用系统默认的Python3.9。具体问题和修复方案如下：

问题点 #

1. 旧版激活命令失效：. activate blee 是conda旧版本的语法，新版mamba/conda已改用 mamba activate blee 命令。
2. 冗余的mamba init：该命令用于配置用户登录shell的自动conda初始化，在Singularity的一次性%post脚本中执行毫无意义，反而可能干扰环境加载。
3. 环境加载顺序问题：虽然你加载了mamba的profile脚本，但后续激活命令未正确关联到新创建的环境。

修复后的%post关键代码 #

# ... 前面的系统依赖安装、mamba安装步骤保持不变 ...

# 创建Python3.6环境
mamba create -y -n blee python=3.6 pip
# 加载mamba的环境配置脚本
source /opt/mamba/etc/profile.d/mamba.sh
# 正确激活blee环境
mamba activate blee
# 验证Python版本（可选，用于调试）
python --version
# 执行包安装，此时会使用blee环境的Python3.6
mamba install --yes -c conda-forge -c bioconda medaka openblas==0.3.3 spoa racon minimap2

额外说明 #

• 在Singularity的%post脚本中，所有命令默认在同一个shell会话中执行，因此source和mamba activate的效果会延续到后续命令。
• 如果仍有问题，可以直接使用环境的绝对路径执行pip或mamba，例如：/opt/mamba/envs/blee/bin/python -m pip install xxx，跳过环境激活步骤。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者ramiro