使用R语言lmer函数时遇Matrix包缺失cholmod_factor_ldetA函数错误

这个错误核心原因是Matrix包版本不兼容或损坏，lme4依赖Matrix包中的cholmod_factor_ldetA函数完成矩阵计算，以下是具体解决步骤：

步骤1：彻底重装Matrix包 #

1. 卸载现有Matrix包：

   remove.packages("Matrix")
   

2. 完全关闭R/RStudio（确保无后台进程占用包文件）
3. 重新打开R，安装最新稳定版Matrix包：

   install.packages("Matrix", dependencies = TRUE)
   

4. 加载包并验证版本：

   library(Matrix)
   packageVersion("Matrix") # 建议版本>=1.5-0（适配新版lme4）
   

步骤2：检查lme4与Matrix的版本兼容性 #

lme4对Matrix有明确版本要求：

• 若lme4版本 >= 1.1-30，需Matrix >= 1.5-0
• 若使用旧版lme4，需降级Matrix到对应兼容版本（可通过packageVersion("lme4")查看当前lme4版本）

版本不匹配时，可选择：

• 升级lme4：install.packages("lme4")
• 或降级Matrix（指定版本，比如install.packages("Matrix", version = "1.4-1")）

步骤3：尝试源码安装Matrix（二进制安装失败时） #

如果二进制安装仍有问题，可从源码编译：

1. 先安装编译工具：Windows需安装Rtools，macOS需安装Xcode，Linux需安装gcc等编译依赖
2. 执行源码安装：

   install.packages("Matrix", type = "source")
   

额外注意：模型比较的合理性修正 #

你当前的模型比较存在误区：lmer(REML = T)用REML拟合，而glm()用ML拟合，直接比较两者AIC并不严谨（AIC基于ML似然）。正确做法如下：

方法1：统一用ML拟合模型 #

# 生成模型（lmer改用ML拟合）
m0.glm <- glm(SPL ~ 1, family = Gamma, data = CP)
m0.lmer <- lmer(SPL ~ 1 + (1|Lunar), REML = FALSE, data = CP)

# 直接比较AIC
AIC(m0.glm, m0.lmer)

方法2：用anova自动转换REML为ML比较 #

m0.glm <- glm(SPL ~ 1, family = Gamma, data = CP)
m0.lmer_reml <- lmer(SPL ~ 1 + (1|Lunar), REML = TRUE, data = CP)

# refit=TRUE会自动将REML模型重新拟合为ML，再进行比较
anova(m0.glm, m0.lmer_reml, refit = TRUE)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Ren