使用shap库时R Markdown编译flex dashboard报错

问题场景 #

用R Markdown生成flex dashboard时，Python代码块里导入shap库就会触发报错，切换成html_document格式编译则完全正常；其他Python库导入无异常，新建空白文档单独导入shap也能正常运行。

报错信息：

Quitting from lines 45-46 [unnamed-chunk-1] (working_example.Rmd)
Error:
! RuntimeError: ValueError: Key figure.figsize: Could not convert [6.0, 3.75] to float

Backtrace:
  1. rmarkdown::render(...)
  2. knitr::knit(knit_input, knit_output, envir = envir, quiet = quiet)
  3. knitr:::process_file(text, output)
  7. knitr:::process_group.block(group)
  8. knitr:::call_block(x)
     ...
 12. knitr (local) engine(options)
 13. reticulate::eng_python(options)
 14. reticulate:::py_compile_eval(snippet, compile_mode)
 17. builtins$eval(compiled, globals, locals)
 18. reticulate:::py_call_impl(callable, dots$args, dots$keywords)
                                                                                                                            
Execution halted

问题原因 #

flexdashboard默认会将matplotlib的figure.figsize参数设置为列表格式[6.0, 3.75]，但matplotlib的rcParams实际期望的是元组或浮点数对格式，shap在初始化过程中读取该参数时，会因格式不匹配触发类型转换错误。

解决方法 #

方法1：导入shap前重置matplotlib参数 #

在Python代码块开头先修正figsize的格式，再导入shap：

import matplotlib
# 将列表格式改为matplotlib接受的元组格式
matplotlib.rcParams['figure.figsize'] = (6.0, 3.75)

import shap
# 后续shap相关代码正常执行即可

方法2：禁用flexdashboard对matplotlib的默认配置 #

在R Markdown的YAML头部添加配置，阻止flexdashboard修改matplotlib的figsize参数：

---
title: "你的仪表盘标题"
output:
  flexdashboard::flex_dashboard:
    config:
      matplotlib:
        figsize: null
---

编译时matplotlib会使用自身默认的figsize设置，shap导入即可正常完成。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Mageentta