如何从PyMOL构建的分子中提取笛卡尔坐标.xyz格式文件？

当然可以，有两种简单方法能导出XYZ格式的笛卡尔坐标文件：

方法一：通过GUI界面操作 #

• 先选中你要导出的分子对象（在PyMOL左侧的对象列表点击该分子，或者在视图中选中）
• 点击顶部菜单栏的 File → Export Molecule...
• 在弹出的导出窗口里，将格式选择为 XYZ
• 设置好保存路径和文件名，点击Save完成导出

方法二：使用命令行快速导出 #

直接在PyMOL底部的命令行输入命令，指定保存路径和目标分子：

save /你要保存的路径/文件名.xyz, 你的分子对象名

如果要导出当前所有选中的分子，也可以用：

save /你要保存的路径/文件名.xyz, all

导出的XYZ文件会遵循标准格式：

<原子总数>
注释行（PyMOL默认会生成包含分子信息的注释）
<元素符号> <X坐标> <Y坐标> <Z坐标>
...（每一行对应一个原子的坐标信息）

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Ani0000