JupyterLab读取.pkl文件时出现pyranges模块找不到错误

问题重现 #

在JupyterLab中使用以下代码读取.pkl文件：

import dill
# Loading scplus_obj 
scplus_obj = dill.load(open('/path-to-my-file/scplus_obj.pkl', 'rb'))

或尝试用pickle读取：

import pickle
with open('/path-to-my-file/scplus_obj.pkl', 'rb') as scplus_obj:
    data = pickle.load(scplus_obj)

均出现相同错误：

ModuleNotFoundError: No module named 'pyranges.pyranges'

已尝试操作 #

• 卸载并重新安装pyranges模块，确认模块已安装且路径在系统sys.path中：

  import pyranges
  print(pyranges.__file__)
  import sys
  sys.path
  

  输出显示pyranges路径已包含在系统路径中：

  /home/cbgm/.local/lib/python3.8/site-packages/pyranges/__init__.py
  ['/home/cbgm/.local/lib/python3.8/site-packages/ray/thirdparty_files',
   '/home/cbgm',
   '/usr/lib/python38.zip',
   '/usr/lib/python3.8',
   '/usr/lib/python3.8/lib-dynload',
   '',
   '/home/cbgm/.local/lib/python3.8/site-packages',
   '/home/cbgm/scenicplus/src',
   '/usr/local/lib/python3.8/dist-packages',
   '/usr/lib/python3/dist-packages']
  

解决方案 #

方案1：临时映射模块别名 #

问题根源是序列化.pkl文件时使用的pyranges版本中存在pyranges.pyranges子模块，但当前安装的新版本pyranges已调整模块结构，不再使用该路径。可以手动将该模块名映射到已安装的pyranges：

在读取文件前添加以下代码：

import pyranges
import sys
# 给pyranges.pyranges创建别名，指向已安装的pyranges模块
sys.modules['pyranges.pyranges'] = pyranges

# 之后正常读取文件
import dill
scplus_obj = dill.load(open('/path-to-my-file/scplus_obj.pkl', 'rb'))

方案2：安装匹配版本的pyranges #

如果上述临时映射无效，说明需要安装与序列化文件时完全一致的pyranges版本：

1. 若已知保存文件时的pyranges版本，直接安装对应版本：

   pip install pyranges==x.x.x
   

2. 若未知版本，可尝试安装旧版本（如0.0.99及以前），这类版本的模块结构包含pyranges.pyranges：

   pip install pyranges==0.0.99
   

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Arnoneel Sinha