编译Shapeit5工具出现htslib头文件缺失错误求助

编译Shapeit5执行make后出现如下错误：

g++ -std=c++17 -O3 -mavx2 -mfma -D__COMMIT_ID__="3d97fcd" -D__COMMIT_DATE__="2023-10-02" -c src/containers/bitvector.cpp -o obj/bitvector.o -Isrc -I/opt/tools/htslib/opt/tools/htslib -I/opt/tools/boost_1_73_0/boost/include
In file included from src/containers/bitvector.h:26,from src/containers/bitvector.cpp:23:
src/utils/otools.h:52:10: fatal error: htslib/hts.h: No such file or directory
52 | #include <htslib/hts.h>
|          ^~~~~~~~~~~~~~
compilation terminated.
make: *** [makefile:135: obj/bitvector.o] Error 1

问题原因 #

从编译命令可见，htslib的头文件路径被错误重复设置为/opt/tools/htslib/opt/tools/htslib，导致编译器无法定位htslib/hts.h。

解决步骤 #

• 打开项目根目录的Makefile，找到定义HTSLIB_PATH的行，将其修改为实际的htslib安装路径，例如：

  HTSLIB_PATH = /opt/tools/htslib
  

  确认该路径下存在include/htslib/hts.h文件。
• 若不想修改Makefile，可直接在执行make时手动指定正确路径：

  make HTSLIB_PATH=/opt/tools/htslib
  

• 若路径正确但仍找不到文件，重新编译安装htslib到指定路径，确保安装过程生成了include目录下的头文件。
• 若使用系统包管理器安装的htslib（如libhtslib-dev），将HTSLIB_PATH设置为/usr即可，系统会自动查找标准头文件目录。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者PallottO