运行Nextflow官方示例未得预期多输出，请求排查原因

问题背景 #

使用以下Nextflow示例代码：

process basicExample {
  input:
  val x

  "echo process job $x"
}

workflow {
  def num = Channel.of(1,2,3)
  basicExample(num)
}

官方文档预期输出包含3条内容：

process job 3
process job 1
process job 2

异常现象 #

• 仅在单个.command.out文件中看到一条输出（如process job 2）
• 执行限定路径的查找命令仅找到一个日志文件：

$> find "work/db/" -name ".command.out"
work/db/9217e2451637514ea8ab5791fbcca4/.command.out

• 但Nextflow运行日志明确显示已完成3个任务：

N E X T F L O W  ~  version 23.10.0
Launching `../../nextflow/channelexample.nf` [festering_stonebraker] DSL2 - revision: 110bfce0a9
executor >  local (3)
[db/9217e2] process > basicExample (3) [100%] 3 of 3 ✔

原因分析与解决办法 #

核心原因 #

db/9217e2是任务的哈希前缀目录，Nextflow会为每个任务生成唯一的完整哈希子目录，同前缀的任务目录会被归类到同一个前缀目录下。你只查看了其中一个子目录的日志，另外两个任务的.command.out在同前缀的其他子目录中。

验证步骤 #

执行全局查找命令遍历整个work目录，会发现3个独立的日志文件：

find work -name ".command.out"

查看所有输出的方法 #

1. 直接查看所有任务日志内容：

cat work/**/.command.out

2. 使用Nextflow日志命令，按会话ID筛选输出：

nextflow log festering_stonebraker -f 'process,name,stdout'

（将festering_stonebraker替换为你的实际运行会话ID）
3. 运行时生成报告，查看每个任务的详细路径和输出：

nextflow run channelexample.nf -with-report report.html

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Fonnae