如何自动化同步Git分支与main/master变更？需排除env文件

我有一个包含Shell脚本与示例env文件的GitLab仓库，创建自定义分支时仅修改env文件内容以实现定制化配置。推送修改后的env文件后，GitLab CI/CD会触发流水线，将所有文件复制部署至指定位置。

main分支文件结构：

run.sh
destroy.sh
.gitlab-ci.yml
env

自定义分支X的文件结构（仅env文件为定制内容）：

run.sh
destroy.sh
.gitlab-ci.yml
env*

当前核心需求：当main分支的run.sh等非env文件发生变更时，需将变更自动同步至所有自定义分支，触发各分支的GitLab CI/CD流水线，但绝对不能覆盖分支中已定制的env文件。手动合并或重建分支在分支数量较多时操作繁琐，现寻求自动化更新所有分支的解决方案。

提交历史示意图如下：

MA ---o--------------o---->
        |   |         |
Y       |   \o--------+--->
        |             |
X       \o------------+--->

其中MA代表main分支，X、Y为自定义分支，o为提交记录，-为开发过程，+为分支更新操作。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Mohammad Mahdi