R语言箱线图添加散点异常：仅单个箱线图显示散点求助

问题现象 #

用R绘制箱线图后，通过stripchart添加散点时，仅第一个分组（Cape Henlopen）显示散点，第二个分组（Brandywine）无散点，效果如下：

使用的代码如下：

#graphics.off()
rm(list=ls())
# Inputs
CapeHenlopen <- c(1,4,3,15,2,3,4,1,10,7,3,1,1,1,4,44,4,2,2,5,1)
Brandywine<- c(1,75,20,15,2,104,3,14,1)
# Outputs 
dev.new() # Open a new window for my boxplot  
boxplot(CapeHenlopen,Brandywine, horizontal = FALSE,
        xlab = c('Location'), 
        ylab= 'Number of Individuals', 
        col=c('red','blue'), 
        names=c('Cape Henlopen', 'Brandywine'))
stripchart(CapeHenlopen, Brandywine, vertical = TRUE, method = "stack", pch = 19, add = TRUE)
dev.copy(png,'myplot.png')

问题原因 #

stripchart直接传入两个向量时，会把它们合并成同一组数据，默认只在x轴第一个位置（对应第一个箱线图）绘制所有散点，导致第二个分组无散点。

解决方案 #

将两个向量放入列表传递给stripchart，让函数识别为两个独立分组，对应箱线图的两个x轴位置：

#graphics.off()
rm(list=ls())
# Inputs
CapeHenlopen <- c(1,4,3,15,2,3,4,1,10,7,3,1,1,1,4,44,4,2,2,5,1)
Brandywine<- c(1,75,20,15,2,104,3,14,1)
# Outputs 
dev.new() # Open a new window for my boxplot  
boxplot(CapeHenlopen,Brandywine, horizontal = FALSE,
        xlab = 'Location', 
        ylab= 'Number of Individuals', 
        col=c('red','blue'), 
        names=c('Cape Henlopen', 'Brandywine'))
# 修改为列表形式传递数据
stripchart(list(CapeHenlopen, Brandywine), vertical = TRUE, method = "stack", pch = 19, add = TRUE)
dev.copy(png,'myplot.png')
dev.off() # 关闭设备以确保图片保存

也可以用数据框+公式的方式实现，更贴合R的数据分析习惯：

# 构造数据框
df <- data.frame(
  Count = c(CapeHenlopen, Brandywine),
  Location = rep(c('Cape Henlopen', 'Brandywine'), times = c(length(CapeHenlopen), length(Brandywine)))
)

dev.new()
boxplot(Count ~ Location, data = df, horizontal = FALSE,
        xlab = 'Location', 
        ylab= 'Number of Individuals', 
        col=c('red','blue'))
stripchart(Count ~ Location, data = df, vertical = TRUE, method = "stack", pch = 19, add = TRUE)
dev.copy(png,'myplot.png')
dev.off()

效果说明 #

修改后，两个分组的散点会分别对应到各自的箱线图位置，Brandywine的散点会显示在蓝色箱线图区域。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Alyssa