如何用ggplot绘制宿主-病原体组合的堆叠柱状图？

先把你的数据集处理成R可识别的格式，再通过分组和堆叠设置实现需求：

步骤1：准备数据 #

先将你的数据转换成R数据框，并创建宿主-病原体组合的分组变量：

library(tidyverse)

# 构建数据集
df <- tibble(
  host = c("bird", "bird", "bird", "bird", "fish", "fish", "fish", "mammal"),
  pathogen = c("bacteria", "virus", "helminth", "bacteria", "virus", "virus", "bacteria", "virus"),
  doses = c(2, 3, 5, 1, 6, 7, 8, 4),
  number_of_observations = c(7, 4, 6, 4, 8, 1, 4, 2)
)

# 生成宿主-病原体组合的x轴分组
df <- df %>%
  mutate(host_pathogen = str_c(host, "-", pathogen))

步骤2：绘制堆叠柱状图 #

用geom_col()配合堆叠参数，把不同剂量的观测数在同一宿主-病原体分组下堆叠展示：

ggplot(df, aes(x = host_pathogen, y = number_of_observations, fill = factor(doses))) +
  geom_col(position = "stack") +
  # 给每个堆叠块添加观测数标签，居中显示
  geom_text(aes(label = number_of_observations), 
            position = position_stack(vjust = 0.5), size = 3) +
  # 设置轴标签和标题
  labs(
    x = "宿主-病原体组合",
    y = "观测数量",
    fill = "剂量(doses)",
    title = "各宿主-病原体组合下不同剂量的观测数堆叠图"
  ) +
  # 倾斜x轴标签避免重叠
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1))

关键说明 #

• 将doses转为因子，是为了让ggplot把每个剂量作为独立分组进行堆叠，而非连续变量处理。
• position_stack(vjust = 0.5)确保数值标签居中显示在每个堆叠区块内，提升可读性。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者K.W