批量RNAseq QC运行FastQC报错：指定路径未被调用

你遇到的问题是fastqc()函数默认去查找/home/mert4522/bin/FastQC/fastqc这个路径，但实际FastQC的安装位置和这个不符——这和你设置的输入输出路径无关。以下是具体解决步骤：

• 先确认FastQC的实际安装路径
  在RStudio控制台执行这条命令，查询服务器上FastQC的真实位置：

  system("which fastqc")
  

  如果服务器全局安装了FastQC，会返回类似/usr/bin/fastqc的路径；如果是你自行安装的，检查解压FastQC的目录，比如是否放在~/software/FastQC这类路径下。

• 在fastqc()中指定FastQC路径
  fastqcr包的fastqc()函数有个fastqc.path参数，专门用来指定FastQC可执行文件的路径，补上这个参数就能解决默认路径错误的问题。示例代码：

  base_dir <- "/data/dpag-paupar-kap1/mert4522/FASTQ/0.2Data2"
  fastqc_dir <- "/data/dpag-paupar-kap1/mert4522/FASTQ/0.2Data2"
  # 替换成你查到的实际路径
  fastqc_exec <- "/usr/bin/fastqc"
  fastqc(fq.dir = base_dir, qc.dir = fastqc_dir, threads=4, fastqc.path = fastqc_exec)
  

• 检查HPC的模块环境
  很多高校HPC用模块管理软件，需要先加载FastQC模块才能调用。可以在R里先执行：

  system("module load fastqc")
  

  之后再运行你的fastqc()代码；或者先在NoMachine的终端里执行module load fastqc，再启动RStudio。

• 验证FastQC本身可用性
  在终端直接输入fastqc --version，如果能正常输出版本号，说明FastQC没问题；如果报错，要么是你安装路径有误，要么需要联系HPC管理员帮忙配置环境或安装。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Jemima Becker