在R中构建含嵌套随机效应的GLMM：语法正确性咨询

你的数据是genotype完全嵌套在origin中（3个origin各对应8个唯一的genotype），这种情况必须用(1|origin/genotype)来设定随机效应，原因如下：

两种符号的实际作用 #

• origin/genotype：这是origin + origin:genotype的简写，会同时拟合两个随机效应分量：

  • 不同origin之间的随机截距（(1|origin)）
  • 每个origin内部，不同genotype之间的随机截距（(1|origin:genotype)）
    完全匹配你的嵌套结构需求，能完整捕捉origin组间和组内genotype的变异。

• origin:genotype：单独使用时，只会拟合origin与genotype的交互项作为随机效应，不会单独考虑origin水平本身的变异。对于你的嵌套数据来说，这会遗漏重要的变异来源，模型设定不完整。

修正后的示例代码 #

注意变量名规范（如果固定效应名称带空格，需要用反引号包裹，建议直接改成无空格命名比如fixed_A）：

glmmTMB(data = data, 
        response ~ fixed_A + fixed_B + origin + (1|origin/genotype), 
        family = binomial)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Miiiii