使用MetaWRAP进行Binning时遇SAM头格式错误，求解决方案

执行命令 #

metawrap binning -o bin_out -t 24 -m 200 -a all_contig/all_merge.fasta --metabat2 --maxbin2 --concoct all_fastq/*fastq

报错信息 #

sorting the SRR10492802 alignment file
[bam_sort_core] merging from 24 files and 24 in-memory blocks...
[E::sam_hdr_sanitise] Malformed SAM header at line 2
samtools sort: failed to read header from "bin_out/work_files/tmp-samtools.0000.bam"
somthing  went wrong with sortin the alignments
Exiging

补充信息：SRR10492802.sam头文件（前10行） #

执行命令：

samtools view -H SRR10492802.sam|head -10

输出：

@SQ SN:k141_390421 LN:651
@SQ SN:k141_39985 LN:538
@SQ SN:k141_334641 LN:682
@SQ SN:k141_55776 LN:692
@SQ SN:k141_39781 LN:589
@SQ SN:k141_450722 LN:843
@SQ SN:k141_563831 LN:707
@SQ SN:k141_350441 LN:651
@SQ SN:k141_270821 LN:1427
@SQ SN:k141_111552 LN:779

问题分析 #

报错核心原因是SAM文件缺少**@HD头行**——SAM格式规范要求文件必须以@HD开头，用于定义版本和排序信息，缺失会导致samtools无法正常解析头文件，进而排序失败。

解决方案 #

方法1：手动补全SAM头 #

• 编辑SRR10492802.sam，在第一行添加标准@HD头：

  @HD	VN:1.6	SO:coordinate
  

• 转换为BAM并验证排序：

  samtools view -Sb SRR10492802.sam > SRR10492802.bam
  samtools sort SRR10492802.bam -o SRR10492802_sorted.bam
  

• 确认无报错后，重新运行MetaWRAP分箱命令。

方法2：重新生成标准BAM文件 #

如果手动修改后仍有异常，建议重新比对生成合规的BAM：

1. 构建contig索引：

   bowtie2-build all_contig/all_merge.fasta contig_index
   

2. 重新比对reads：

   bowtie2 -x contig_index -1 all_fastq/SRR10492802_1.fastq -2 all_fastq/SRR10492802_2.fastq -S SRR10492802_new.sam
   

3. 转为BAM并排序：

   samtools view -Sb SRR10492802_new.sam | samtools sort -o SRR10492802_new_sorted.bam
   

4. 替换临时文件或重新运行MetaWRAP分箱。

方法3：调整线程数 #

多线程合并时可能触发头文件异常，尝试降低线程数：

metawrap binning -o bin_out -t 12 -m 200 -a all_contig/all_merge.fasta --metabat2 --maxbin2 --concoct all_fastq/*fastq

内容的提问来源于stack exchange，提问作者xiaokalami