使用tifffile保存多堆栈TIFF时，如何为每个切片添加独立元数据？

我有多个以numpy数组形式存储的显微镜图像，希望将它们保存为单个多堆栈TIFF文件。这些图像对应同一XY点位但处于不同高度（Z轴切片），我需要为每个切片添加专属的元数据以存储该图像的特定信息。我尝试使用tifffile库编写了如下代码：

metadata = {'x': 10.5, 'y': 7.5}
with tifffile.TiffWriter(filename, bigtiff=False, imagej=False) as tif_writer:
     for z_slice in xyz_stack:
         metadata["z"] = z_slice.z
         tif_writer.write(z_slice.numpy_array, description=json.dumps(metadata))

但该代码无法实现需求，所有切片的描述（元数据）均相同。请问如何解决这一问题？

问题出在复用了同一个metadata字典对象，部分情况下会导致所有页面最终使用最后一次生成的元数据字符串。解决方法是为每个切片创建独立的元数据字典，确保每个页面的描述都是专属的：

import json
import tifffile

filename = "multi_stack.tif"
with tifffile.TiffWriter(filename, bigtiff=False, imagej=False) as tif_writer:
    for z_slice in xyz_stack:
        # 为当前切片生成独立的元数据字典
        current_metadata = {"x": 10.5, "y": 7.5, "z": z_slice.z}
        # 将元数据转为JSON字符串写入描述字段
        tif_writer.write(z_slice.numpy_array, description=json.dumps(current_metadata))

验证结果 #

可以用以下代码读取TIFF文件，检查每个切片的元数据是否正确：

with tifffile.TiffFile(filename) as tif:
    for idx, page in enumerate(tif.pages):
        print(f"切片 {idx} 的元数据: {page.description}")

如果需要更灵活的元数据存储，也可以通过extratags参数向TIFF添加自定义标签，但用description存储JSON格式的元数据已经能满足你的需求。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者martinc