运行Snakemake时指定.snakemake临时文件路径，避免输入文件查找失败

我有一个包含Snakefile及各类输入文件的Snakemake工作流，希望完全按原有逻辑运行，但将.snakemake临时文件写入更适合的临时文件系统。尝试过--directory参数，但该参数会导致Snakemake无法找到基于当前工作目录的输入文件。希望保留当前工作目录用于查找输入文件，仅修改临时文件的写入位置，请问是否可行？

示例目录结构如下：

.
├── data
│   ├── genome.fa
│   ├── genome.fa.amb
│   ├── genome.fa.ann
│   ├── genome.fa.bwt
│   ├── genome.fa.fai
│   ├── genome.fa.pac
│   ├── genome.fa.sa
│   └── samples
│       ├── A.fastq
│       ├── B.fastq
│       └── C.fastq
├── results
│   └── mapped
│       └── C.bam
└── workflow
    ├── envs
    │   ├── mapping.yaml
    │   └── stats.yaml
    └── Snakefile

正常运行后.snakemake会生成在当前工作目录。若使用--directory ~/scratch/tmpsnake命令，则出现以下错误：

WorkflowError:
MissingInputException: Missing input files for rule map_reads:
    output: results/mapped/A.sorted.bam
    wildcards: sample=A.sorted
    affected files:
        data/genome.fa
        data/samples/A.sorted.fastq

解决方案 #

可行，以下两种方法可以实现需求：

方法一：使用--snake-dir参数（Snakemake 7.0及以上版本） #

直接指定.snakemake目录的存放路径，同时保持当前工作目录作为输入文件的查找基准。运行命令如下：

snakemake --snake-dir ~/scratch/tmpsnake --snakefile workflow/Snakefile

该参数会将.snakemake目录创建在指定位置，工作流仍以当前目录解析相对路径，不会影响输入文件的查找。

方法二：设置环境变量SNAKEMAKE_DIR（适用于所有版本） #

通过环境变量指定.snakemake的存储位置，无需修改工作目录：

export SNAKEMAKE_DIR=~/scratch/tmpsnake
snakemake --snakefile workflow/Snakefile

运行后，Snakemake的临时缓存、日志等文件都会写入指定的SNAKEMAKE_DIR路径，输入文件的查找逻辑保持不变。

注意：避免使用--directory参数，该参数会让Snakemake切换到指定目录作为工作目录，所有相对路径（包括输入文件）都会基于此目录解析，这正是你遇到输入文件缺失错误的原因。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Migwell