使用R语言ape包ace函数报错：对象'phy'非'phylo'类

我正在开展ASR（祖先状态重建）分析，尝试将二进制数据关联到已生成的进化树末端。但运行ape包的ace()函数时，持续出现错误：object "phy" is not of class "phylo"。

完整运行代码 #

install.packages("ape")
install.packages("phytools")
install.packages("tidyverse")
library(tidyverse)
library(ape)
library(phytools)

# 读取进化树
tree_path <- "/Users/USERNAME/Downloads/aeruginosa_galaxy_tree"
tree <- read.tree(tree_path)

# 读取CSV文件
csv_path <- "/Users/USERNAME/Desktop/Pf4_gene_results_modified.csv"
gene_data <- read.csv(csv_path, row.names = 1)  # 假设第一列是行名

# 筛选共同标识符
common_identifiers <- intersect(rownames(gene_data), tree$tip.label)

# 过滤基因数据和进化树
gene_data_filtered <- gene_data[common_identifiers, , drop = FALSE]
tree_filtered <- drop.tip(tree, setdiff(tree$tip.label, common_identifiers))


# 列出基因数据中不在进化树标签里的标识符
missing_in_tree <- setdiff(rownames(gene_data_filtered), tree$tip.label)

# 列出进化树标签中不在基因数据里的标识符
missing_in_gene_data <- setdiff(tree$tip.label, rownames(gene_data_filtered))

# 输出缺失标识符的数量
length(missing_in_tree)
length(missing_in_gene_data)

class(tree)

# 示例：对二进制数据使用简约模型
fit <- ace(tree, gene_data_filtered, type="discrete", model="parsimony")

# 绘制带祖先状态的进化树
plot(fit, tree)

内置数据集测试情况 #

使用ape包内置数据集测试时，同样出现该错误：

> data(bird.orders)
> fit_example <- ace(bird.orders$tree, bird.orders$trait, model="ER")
    Error in ace(bird.orders$tree, bird.orders$trait, model = "ER") : 
      object "phy" is not of class "phylo"

已尝试的解决方法 #

• 重启RStudio环境
• 新建R环境
• 多次重装ape包

问题仍未解决，推测可能是ape包与RStudio环境的交互问题，但无法确定具体原因。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Michaelbucher