如何将ggplot主Y轴设为对数刻度？双Y轴绘图报错求助

你先后调用了scale_y_log10()和scale_y_continuous()，ggplot会自动用后一个Y轴刻度设置覆盖前一个，这就导致主Y轴的对数刻度被替换，同时触发"重复设置Y轴刻度"的报错。

library(tidyr)
library(dplyr)
library(ggplot2)
library(scales)
theme_set(theme_bw())

# 处理0值（log10(0)无意义，替换为极小值避免报错）
df <- df %>% mutate(Secondary_conc = ifelse(Secondary_conc == 0, 1e-9, Secondary_conc))

ggplot(df) + 
  # 主Y轴柱状图（浓度，对数刻度）
  geom_bar(aes(x = reorder(Species, Species_order), y = Secondary_conc),
           stat = 'identity', fill = "cadetblue2") +
  # 整合主/次Y轴设置：主Y轴为对数刻度，次Y轴映射百分比
  scale_y_log10(
    name = expression(bold(Concentration~(ng/m^{3}))),
    breaks = trans_breaks("log10", function(x) 10^x),
    labels = trans_format("log10", math_format(10^.x)),
    sec.axis = sec_axis(
      trans = ~ . / 0.25,  # 主Y轴数值转百分比的反向转换
      name = "%",
      labels = function(x) round(x, 2)  # 优化百分比标签显示精度
    )
  ) + 
  # 次Y轴散点图（百分比需缩放匹配主Y轴范围）
  geom_point(aes(x = reorder(Species, Species_order), y = Secondary_perc * 0.25, color = "red")) + 
  theme(
    axis.title.y = element_text(face = "bold", size = 8),
    axis.text.x = element_text(face = "bold", size = 8, angle = -45, hjust = 0),
    legend.position = "none"
  ) + 
  labs(x = NULL)

1. 合并Y轴设置：将次Y轴的定义整合到scale_y_log10()的sec.axis参数中，避免重复设置Y轴导致覆盖。
2. 调整缩放逻辑：散点的Y值从Secondary_perc/0.25改为Secondary_perc * 0.25，因为sec_axis的trans参数是从主Y轴数值转换到次Y轴数值的函数，需保证散点位置与次Y轴刻度对应。
3. 处理0值问题：将浓度为0的数值替换为极小值（1e-9），避免log10(0)引发的绘图错误。
4. 优化X轴标签：添加hjust=0让倾斜的物种名称更贴近坐标轴，提升可读性。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者AgungGK