Pandas导入错误：无法导入Int64Index的解决求助

• 问题根源：pandas 2.0+版本移除了Int64Index类，改用Index(dtype="int64")替代，而旧版pydeseq2的代码仍在直接导入Int64Index，导致兼容性报错。

• 解决方案步骤：

  1. 检查当前pandas版本：

     pip show pandas
     

     如果版本是2.0及以上，需要降级到1.x系列（比如1.5.3，这是pydeseq2兼容的稳定版本）。

  2. 卸载并重新安装指定版本的pandas：

     pip uninstall -y pandas
     pip install pandas==1.5.3
     

  3. 更新pydeseq2到最新兼容版本：

     pip install --upgrade pydeseq2
     

  4. 若仍有冲突，使用虚拟环境隔离依赖：

     • 创建虚拟环境：

       python -m venv deseq_env
       

     • 激活虚拟环境：
       Windows系统：

       deseq_env\Scripts\activate
       

       Linux/macOS系统：

       source deseq_env/bin/activate
       

     • 在虚拟环境中安装pydeseq2，它会自动拉取兼容的依赖包：

       pip install pydeseq2
       

内容的提问来源于stack exchange，提问作者ABC D