在R中导入CMEC动物地理区系shapefile遇错求助

问题背景 #

尝试导入包含11个生物地理区域的newRealms.shp文件（已放入R工作目录），使用代码：

library(sf)
realms <- read_sf("newRealms.shp")

执行后出现错误与警告：

错误：Cannot open [文件路径\newRealms.shp]; The source could be corrupt or not supported. See st_drivers() for a list of supported formats.
警告：In CPL_read_ogr(dsn, layer, query, as.character(options), quiet, :
GDAL Error 4: Unable to open [文件路径\newRealms.shx] or [文件路径\newRealms.SHX]. Set SHAPE_RESTORE_SHX config option to YES to restore or create it.

同时在RStudio「Files」面板直接点击该文件时，收到提示："File is binary rather than text so cannot be opened by the source editor."

解决步骤 #

1. 检查shapefile配套文件 #

shapefile是一组文件的集合，必须保证.shp、.shx（索引文件）、.dbf（属性表）等核心文件存在于同一目录。先执行以下命令确认工作目录中的相关文件：

list.files(pattern = "newRealms")

2. 启用GDAL修复配置读取文件 #

利用sf包设置GDAL的SHAPE_RESTORE_SHX选项，让系统自动修复或重建缺失的.shx文件：

library(sf)
# 开启缺失.shx文件的修复配置
st_set_options(SHAPE_RESTORE_SHX = "YES")
# 重新读取shapefile
realms <- read_sf("newRealms.shp")

3. 验证读取结果 #

读取完成后，可通过以下命令确认数据是否正常：

# 查看数据结构
str(realms)
# 快速绘图验证地理数据
plot(realms)

4. 备选方案：重新下载数据集 #

若上述方法无效，大概率是下载时文件损坏。重新下载完整的数据集压缩包，解压后确保所有配套文件完整，再尝试导入。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Bradley Allf