Snakemake 5.18.1如何指定.snakemake/log日志目录？

针对你遇到的无写入权限导致Snakemake崩溃的问题，由于5.18.1版本没有直接指定运行日志目录的单独参数，可通过以下两种方法解决：

• 方法一：指定工作目录
  使用-d（或完整参数--workdir）指定一个有写入权限的目录作为工作目录，Snakemake会自动在该目录下生成.snakemake/log文件夹存放运行日志，命令示例：

snakemake -d /path/to/your/writable/folder [其他运行参数]

• 方法二：软链接替换默认存储目录
  如果不想改变工作目录，可通过软链接将默认的.snakemake目录指向有权限的存储路径：

# 先在有权限的位置创建用于存储Snakemake文件的目录
mkdir -p /path/to/writable/snakemake_storage
# 在当前执行命令的目录创建软链接
ln -s /path/to/writable/snakemake_storage .snakemake

之后执行Snakemake命令时，日志及其他临时文件都会写入软链接指向的目录。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Sky007