igraph绘图：自定义顶点大小范围及特定值黑色图例制作

Q1：按指定范围线性缩放顶点大小 #

要把val的取值范围（1-10）映射到顶点大小的2-15区间，用线性缩放公式即可实现，保证最小顶点对应2，最大对应15，其余按比例分配：

# 计算缩放后的顶点大小
scaled_val <- 2 + (val - min(val)) * (15 - 2)/(max(val) - min(val))

把原plot()里的vertex.size = val替换成vertex.size = scaled_val即可，无需保留cex=0.5（scaled_val已经是最终目标大小）。

Q2：生成指定val值的黑色大小图例 #

只需在legend()中指定目标val值、对应缩放后的大小，同时把点的填充色和边框色都设为黑色：

# 指定要展示的val值
legend_vals <- c(1,4,8,10)
# 提取对应缩放后的大小
legend_sizes <- scaled_val[val %in% legend_vals]

# 绘制图例
legend(-1.3, -0.9, 
       legend = legend_vals, 
       pch = 21, 
       pt.bg = "black",  # 填充黑色
       col = "black",    # 边框黑色
       pt.cex = legend_sizes/10,  # 匹配图中顶点大小的比例调整
       bty="n", 
       ncol = 2  # 调整列数让图例更紧凑
       )

注：pt.cex是相对于R默认点大小的比例，用legend_sizes/10是因为igraph默认顶点大小基准值约为10，能保证图例点与图中顶点大小完全匹配。

完整可运行代码 #

library(igraph)

g <- make_ring(10)
val = 1:10
pal <- c("pink", "steelblue")
V(g)$color <- c(rep("pink", 5), rep("steelblue", 5))

# Q1：计算缩放后的顶点大小
scaled_val <- 2 + (val - min(val)) * (15 - 2)/(max(val) - min(val))

pdf("aa.pdf", width = 7, height = 7)
plot(g, layout = layout_with_fr, 
     vertex.size = scaled_val,
     vertex.frame.color = NA, 
     edge.color = adjustcolor("#c7c7c7", alpha.f = 0.9))

# Q2：绘制自定义黑色图例
legend_vals <- c(1,4,8,10)
legend_sizes <- scaled_val[val %in% legend_vals]
legend(-1.3, -0.9, 
       legend = legend_vals, 
       pch = 21, 
       pt.bg = "black",
       col = "black",
       pt.cex = legend_sizes/10,
       bty="n", 
       ncol = 2)
dev.off()

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Patrick