使用Python的xclim读取NetCDF文件报错：缺失mpi4py模块

我用Python的xclim包处理NetCDF格式的气候数据，尝试读取文件时出现报错。

引发问题的代码片段 #

from xclim.core.calendar import percentile_doy
from xclim.indices import cold_spell_duration_index

path_to_tasmin_file = "/scratch/aez849/CCCS/BIAS_CORR_DAYMET/Merge_Hist_rcp45/K/tmin.hist_rcp45_merged.CanESM2.CRCM5-UQAM.day.NAM-44i.mbcn-Daymet.nc"
tasmin = xr.open_dataset(path_to_tasmin_file).tasmin.isel(lat=0, lon=0)

错误信息 #

Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/scratch/aez849/CCCS/azal/lib/python3.10/site-packages/xarray/backends/api.py", line 573, in open_dataset
    backend_ds = backend.open_dataset(
  File "/scratch/aez849/CCCS/azal/lib/python3.10/site-packages/xarray/backends/netCDF4_.py", line 603, in open_dataset
    store = NetCDF4DataStore.open(
  File "/scratch/aez849/CCCS/azal/lib/python3.10/site-packages/xarray/backends/netCDF4_.py", line 367, in open
    import netCDF4
  File "/scratch/aez849/CCCS/azal/lib/python3.10/site-packages/netCDF4/__init__.py", line 3, in <module>
    from ._netCDF4 import *
  File "src/netCDF4/_netCDF4.pyx", line 1, in init netCDF4._netCDF4
ModuleNotFoundError: No module named 'mpi4py'

我在安装mpi4py模块时遇到困难，疑似该模块与当前使用的XClim版本不兼容，需要解决建议。

• 换用无mpi依赖的后端读取文件：直接使用h5netcdf引擎读取，无需安装mpi4py。先安装依赖：

  pip install h5netcdf
  

  修改读取代码：

  tasmin = xr.open_dataset(path_to_tasmin_file, engine="h5netcdf").tasmin.isel(lat=0, lon=0)
  

• 安装兼容版本的mpi4py：

  1. 先查看当前环境netCDF4版本：

     pip show netCDF4
     

  2. 根据netCDF4版本匹配mpi4py，例如netCDF4<=1.6.0可搭配mpi4py>=3.0.0；新版netCDF4可安装兼容稳定版：

     pip install mpi4py==3.1.5
     

  3. 若使用conda环境，优先用conda自动处理依赖：

     conda install -c conda-forge mpi4py netCDF4 xclim
     

• 固定XClim及依赖版本：
  先查看当前XClim版本：

  pip show xclim
  

  若版本过旧，升级到与Python3.10兼容的稳定版：

  pip install xclim==0.41.1
  

  该版本对xarray、netCDF4等依赖的兼容性经过验证，可避免版本冲突。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Pouya Khalili