R语言生成热图：创建聚类数据框丢失原行名的问题及解决

你遇到的问题本质是base R的data.frame()不会自动将输入命名向量的名称设为数据框的行名——不管k取2还是4+，只是k=2时的ifelse操作可能让你误以为行名被保留了，实际是偶然情况。cutree()返回的是带原行名的命名向量，但用paste()生成新字符串向量后，直接传入data.frame()时，默认会生成数字序列的行名，覆盖了原有的名称。

以下是几种稳定保留原行名的解决方法：

• 方法1：创建数据框后手动赋值行名

# 生成聚类结果
hclust_col <- cutree(tree = as.dendrogram(hclust_cyto), k = 4)
# 创建带聚类名称的数据框
hclust_col_1 <- data.frame(cluster = paste("cluster", hclust_col))
# 将原向量的名称设置为数据框行名
rownames(hclust_col_1) <- names(hclust_col)

• 方法2：创建数据框时直接指定行名参数

hclust_col <- cutree(tree = as.dendrogram(hclust_cyto), k = 4)
hclust_col_1 <- data.frame(
  cluster = paste("cluster", hclust_col),
  row.names = names(hclust_col)
)

• 方法3：tidyverse风格（需加载tibble包）
  如果你习惯用tidyverse工具链，可以更直观地处理行名：

library(tibble)
hclust_col <- cutree(tree = as.dendrogram(hclust_cyto), k = 4)
# 将命名向量转为带列名的数据框，处理聚类名称后再转回行名
hclust_col_1 <- enframe(hclust_col, name = "sample_id", value = "cluster") %>%
  mutate(cluster = paste("cluster", cluster)) %>%
  column_to_rownames(var = "sample_id")

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Someone_1313