Singularity作业数组中循环生成BAM文件路径的问题求助

我在用Singularity做作业数组测试，Singularity容器仅支持全局/环境变量作为输入。需要为279个目录生成对应BAM文件路径并赋值给变量，最初尝试的Shell循环如下：

for i in {1..279};
do
        SAMPLE="ls /path/to/sgdp_$i/input/*_chr.bam"
done

但该循环执行完所有迭代后，变量仅保留最后一个目录（sgdp_279）的结果，而作业数组需要的是对应迭代目录的路径。我需要一种能随作业数组逐个生成对应路径的方式，而非一次性跑完整个循环。

目录结构（tree -h输出）：

sgdp_001
├── [ 4.0K]  input
│   ├── [  83G]  abh100_chr.bam
│   └── [ 8.5M]  abh100_chr.bam.bai
├── [ 4.0K]  output
├── [  83G]  sample_chr.bam
└── [ 8.5M]  sample_chr.bam.bai
sgdp_002
├── [ 4.0K]  input
│   ├── [  79G]  abh107_chr.bam
│   └── [ 8.5M]  abh107_chr.bam.bai
├── [ 4.0K]  output
├── [  79G]  sample_chr.bam
└── [ 8.5M]  sample_chr.bam.bai
.
.
.

期望输出示例：

/path/to/sgdp_001/input/abh100_chr.bam
/path/to/sgdp_002/input/abh107_chr.bam

注意：所有BAM文件前缀各不相同，仅后缀为_chr.bam。

核心逻辑 #

作业数组的每个任务是独立进程，无需写循环一次性遍历所有目录，只需让每个任务根据自身索引值（调度系统不同变量名有差异，比如SLURM用$SLURM_ARRAY_TASK_ID）生成对应目录的BAM路径即可。

具体实现步骤 #

1. 处理索引补零：因为目录命名是sgdp_001这种三位格式，需要把任务ID补零成三位数字：

# 获取当前作业数组的任务ID，以SLURM为例
TASK_ID=$SLURM_ARRAY_TASK_ID
# 补零为三位，比如1→001、10→010
FORMATTED_ID=$(printf "%03d" $TASK_ID)

2. 安全匹配BAM文件路径：避免用ls赋值（易引发解析问题），直接用通配符匹配：

# 单文件场景下直接赋值
SAMPLE=$(echo /path/to/sgdp_$FORMATTED_ID/input/*_chr.bam)

# 更安全的数组存储方式（防止目录下出现多个BAM文件的情况）
BAM_FILES=(/path/to/sgdp_$FORMATTED_ID/input/*_chr.bam)
SAMPLE=${BAM_FILES[0]}

3. 验证变量有效性：

echo $SAMPLE

作业数组提交示例（SLURM） #

编写提交脚本submit_array.sh：

#!/bin/bash
#SBATCH --array=1-279%10  # 一次并行运行10个任务
#SBATCH --job-name=singularity_bam
#SBATCH --output=sgdp_%A_%a.out

TASK_ID=$SLURM_ARRAY_TASK_ID
FORMATTED_ID=$(printf "%03d" $TASK_ID)
SAMPLE=$(echo /path/to/sgdp_$FORMATTED_ID/input/*_chr.bam)

# 将SAMPLE作为环境变量传入Singularity容器执行命令
singularity exec --env SAMPLE=$SAMPLE your_container.sif your_target_command

提交命令：

sbatch submit_array.sh

原循环失效原因 #

原循环是在单个进程内遍历所有目录，每次迭代都会覆盖SAMPLE变量，最终仅保留最后一次赋值结果。而作业数组需要每个任务单独运行脚本，各自处理对应目录，无需全局循环。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Matteo