使用BCFtools merge合并VCF时非相同变异被合并的问题求助

• 使用BCFtools merge工具合并60个不同个体的变异调用文件（VCF）时，遇到核心问题：共享相同起始位置的非相同变异会被合并到同一条记录中
• 已知--collapse none参数可在isec等命令中解决此类合并问题，但merge命令不支持该参数
• 尝试过合并后手动拆分这些记录，但无法确定合并后每个等位基因比例对应哪个原始变异调用

使用的命令：

bcftools merge --file-list vcf_filenames -Oz -o merged_files.vcf.gz

• 期望结果：非相同变异被放入不同的记录（行）中
• 实际结果：非相同变异被输出到同一条记录，且无法解析每个样本的等位基因比例对应的原始变异调用

单条记录包含多个独特事件，等位基因比例分配不明确

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Logan Wallace