使用emmeans包出现'unpackedMatrix_transpose'未找到错误求助

我曾多次在RStudio中成功使用emmeans包，但现在运行脚本时遇到无法解决的错误：

shannon_site_emm <- emmeans(shannon_site, factor(site))
Error in t(OO[[rr]]) : object 'unpackedMatrix_transpose' not found

数据集仅做了小幅更新，按道理不应引发此问题。我执行的操作及模型输出如下：

# 拟合模型:
shannon_site <- lmer(Shannon ~ site + (1|bird_name), data = alpha_metadata)

# 查看参数:
summary(shannon_site)

模型输出：

Linear mixed model fit by REML. t-tests use Satterthwaite's method ['lmerModLmerTest']
Formula: Shannon ~ site + (1 | bird_name)
   Data: alpha_metadata

REML criterion at convergence: 889.7

Scaled residuals: 
    Min      1Q  Median      3Q     Max 
-2.4094 -0.6484  0.0143  0.5922  2.6900 

Random effects:
 Groups    Name        Variance Std.Dev.
 bird_name (Intercept) 0.1652   0.4065  
 Residual              1.2518   1.1188  
Number of obs: 281, groups:  bird_name, 142

Fixed effects:
                  Estimate Std. Error       df t value Pr(>|t|)    
(Intercept)         3.4142     0.8894 150.4461   3.839 0.000182 ***
siteFt Lauderdale  -1.3439     1.0893 150.4461  -1.234 0.219234    
siteJDSP            0.3794     0.9889 162.3981   0.384 0.701773    
siteSFWC           -1.3423     0.9080 152.7540  -1.478 0.141394    
siteTTP            -0.4431     0.8937 150.0042  -0.496 0.620771    
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

Correlation of Fixed Effects:
            (Intr) stFtLd stJDSP stSFWC
siteFtLdrdl -0.816                     
siteJDSP    -0.899  0.734               
siteSFWC    -0.980  0.800  0.881        
siteTTP     -0.995  0.813  0.895  0.975

1. 修正emmeans调用语法 #

当前emmeans的调用格式错误，第二个参数不应使用factor(site)，正确写法为以下两种之一：

# 使用公式指定变量
shannon_site_emm <- emmeans(shannon_site, ~ site)

# 或使用字符向量指定
shannon_site_emm <- emmeans(shannon_site, specs = "site")

2. 更新相关包并重启会话 #

unpackedMatrix_transpose错误大多源于emmeans、lme4、lmerTest包版本不兼容，执行以下命令更新所有相关包：

update.packages(c("emmeans", "lme4", "lmerTest"), dependencies = TRUE)

更新完成后必须重启R会话，再重新拟合模型并调用emmeans。

3. 验证模型对象 #

若上述步骤无效，检查模型对象是否正常，可重新拟合模型排除缓存问题：

# 查看模型结构
str(shannon_site)

# 重新拟合模型
shannon_site <- lmer(Shannon ~ site + (1|bird_name), data = alpha_metadata, REML = TRUE)

4. 降级包版本（备选） #

如果更新后问题仍存在，可能是新版本包的bug，可尝试降级到之前能正常运行的版本，示例如下（替换为对应版本号）：

install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/emmeans/emmeans_1.8.4.tar.gz", repos = NULL, type = "source")

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Morgan S