ggplot2 facet_grid不遵循因子水平：预因子化失效原因及解决方法问询

我用ggplot2的facet_grid()绘制3个分面图，默认分面和图例都是字母顺序。为调整顺序，我对相关变量做了因子化，也确认设置了目标水平，但分面还是保持字母顺序，只有图例的样本顺序和颜色分配因为因子化改变了。

我找到很多在绘图代码里加因子设置的方案，但想提前对数据做因子化，尽量简化绘图代码。

请问为什么我的因子化方法对分面排列不起作用？有没有简单的方法能在绘图前设置因子水平，让facet_grid()遵循这个设置？

复现代码 #

library(tidyverse)

Sample_Table <- data.frame(
  Sample=c(1:9),
  Group=c("B", "B", "B", "A", "A", "A", "C", "C", "C"))

data <- data.frame(
  Position=c(rep(1:5000,times=3)),
  Signal=c(rep(0,times=2000), rep(25,times=1000), rep(0,times=2000),
           rep(0,times=2000), rep(50,times=1000), rep(0,times=2000),
           rep(0,times=2000), rep(75,times=1000), rep(0,times=2000)),
  Group=c(rep("A", times=5000), rep("B", times=5000), rep("C", times=5000))
  )

data_factor <- data %>%
  dplyr::mutate(Group = factor(Group, levels=c(paste0(unique(Sample_Table$Group)))))

colorscale <- c("#ffe119", "#f58231", "#9A6324")

Plot <- ggplot(data) +
  geom_line(aes(x=Position, y=Signal, col=Group), linewidth=.4) +
  scale_color_manual(values=c(colorscale)) +
  facet_grid(paste0(Group)~.) +
  theme_bw() +
  theme(axis.text.x = element_blank()) +
  theme(
    axis.title.x = element_text(margin=margin(t=30)),
    legend.title = element_text(colour = "#333333", size=12),
    legend.text = element_text(colour = "#333333", size=12)
  ) +
  guides(fill = "none")

Plot_Factored <- ggplot(data_factor) +
  geom_line(aes(x=Position, y=Signal, col=Group), linewidth=.4) +
  scale_color_manual(values=c(colorscale)) +
  facet_grid(paste0(Group)~.) +
  theme_bw() +
  theme(axis.text.x = element_blank()) +
  theme(
    axis.title.x = element_text(margin=margin(t=30)),
    legend.title = element_text(colour = "#333333", size=12),
    legend.text = element_text(colour = "#333333", size=12)
  ) +
  guides(fill = "none")

效果对比 #

原始绘图（未因子化数据） #

因子化数据但分面未生效的绘图 #

问题核心出在**facet_grid(paste0(Group)~.)**这行代码：你用paste0()把已经因子化的Group变量强制转回了字符串类型，ggplot处理字符串时会默认按字母顺序排序分面；而图例使用的是aes()里的因子化Group，所以图例顺序和颜色能正常遵循因子设置。

直接在facet_grid()中使用因子化后的Group变量，不要用paste0()做转换：

修正后的绘图代码 #

Plot_Factored <- ggplot(data_factor) +
  geom_line(aes(x=Position, y=Signal, col=Group), linewidth=.4) +
  scale_color_manual(values=colorscale) +
  facet_grid(Group~.) +  # 移除paste0()，直接用因子变量
  theme_bw() +
  theme(axis.text.x = element_blank(),
        axis.title.x = element_text(margin=margin(t=30)),
        legend.title = element_text(colour = "#333333", size=12),
        legend.text = element_text(colour = "#333333", size=12)) +
  guides(fill = "none")

简化因子化代码 #

另外，你设置因子水平的代码可以简化，unique(Sample_Table$Group)本身就是字符向量，无需paste0()：

data_factor <- data %>%
  mutate(Group = factor(Group, levels = unique(Sample_Table$Group)))

这样修改后，分面就会严格遵循你提前设置的因子水平顺序排列，同时保持绘图代码简洁。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者JVGen