R语言合并多CSV文件：将文件名设为合并后数据框列名

核心思路是：在导入单个CSV文件时就把CpG列重命名为对应的文件名（去除.csv后缀），再合并所有文件，从根源避免重复列名导致的.x/.y后缀问题。

步骤1：获取所有CSV文件路径 #

先拿到目标文件夹下的所有CSV文件完整路径：

library(tidyverse)

# 替换为你的CSV文件实际存放路径
csv_dir <- "your/csv/folder/path"

# 获取所有.csv结尾的文件路径
csv_files <- list.files(path = csv_dir, pattern = "\\.csv$", full.names = TRUE)

步骤2：定义导入并重命名的函数 #

写一个函数，负责导入单个CSV、提取文件名（去后缀），并把CpG列改成对应文件名：

import_rename_cpg <- function(file_path) {
  # 提取纯文件名（去掉路径和.csv后缀）
  file_name <- str_remove(basename(file_path), "\\.csv$")
  
  # 导入CSV后重命名CpG列
  read_csv(file_path) %>%
    rename(!!file_name := CpG)  # !!实现动态列名赋值
}

步骤3：批量处理并合并文件 #

根据你的数据结构选择对应的合并方式：

场景1：所有文件有共同索引列（比如SampleID） #

如果每个CSV都有用来匹配的唯一标识列（如样本ID），用reduce做左连接合并：

# 批量导入所有文件，得到数据框列表
df_list <- map(csv_files, import_rename_cpg)

# 按共同索引列合并（替换成你的实际索引列名，比如SampleID）
merged_df <- df_list %>% reduce(left_join, by = "SampleID")

场景2：无共同索引列，按行位置合并 #

如果所有文件的行顺序完全一致，直接按列合并：

merged_df <- map_dfc(csv_files, import_rename_cpg)

应急方案：已生成带后缀的合并结果 #

如果已经得到了带.x/.y后缀的合并数据框，可以批量重命名修正：

# 先提取所有文件名（去后缀）
file_names <- str_remove(basename(csv_files), "\\.csv$")

# 把所有CpG.x/CpG.y...替换为对应文件名
colnames(merged_old)[str_detect(colnames(merged_old), "^CpG\\.")] <- file_names

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Debajyoti Kabiraj