Snakemake repeat benchmark运行异常：重复测量值偏小

问题原因 #

你的repeat()用法本身没问题，但Snakemake的核心执行逻辑是检查输出文件是否存在，存在则跳过任务。第一次运行后，规则定义的.C、.R、.log输出文件已经生成，后续两次repeat迭代会直接判定任务已完成，跳过实际脚本执行，所以只记录了空跑的耗时和内存数据。

解决办法 #

1. 脚本内强制清理输出文件（推荐）

修改规则的shell脚本，在执行前删除当前规则的所有输出文件，确保每次repeat都能完整执行：

rule br:
    # 其他字段保持不变
    shell:
        """
        module load gcc
        # 清理本次运行的输出文件，保证每次repeat都重新执行
        rm -f {output.C} {output.R} {output.log}
        {input.script} {params.outprefix} -t {threads}
        """

2. 标记输出为临时文件（仅适合无需保留输出的场景）

将输出文件用temp()包裹，Snakemake会在每次repeat完成后自动删除输出，下次迭代就会重新执行任务：

output:
    C = temp("output/br/{prefix}/{ref}/{prefix}.{ref}.br.C"),
    R = temp("output/br/{prefix}/{ref}/{prefix}.{ref}.br.R"),
    log = temp("output/br/{prefix}/{ref}/{prefix}.{ref}.br.log")

⚠️ 注意：这个方法会在所有repeat完成后删除输出文件，如果后续流程需要依赖这些文件，不要用这个方案。

3. 启动时添加强制重跑参数

运行Snakemake时加上--rerun-incomplete参数，强制所有规则即使输出存在也重新执行，适合专门跑benchmark的场景：

snakemake --rerun-incomplete --cores 32

验证效果 #

修改后重新运行，benchmark文件的三次记录应该都会显示正常的耗时、内存等数据，不会再出现极小值。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者rvarki