ggplot2中geom_point双变量配色及重叠颜色配置问题

方法1：通过组合变量精准控制颜色 #

直接基于var1和var2的组合创建分组变量，为每种组合指定对应颜色，完全匹配需求：

library(ggplot2)
library(dplyr)

data <- data.frame(x = 1:4, y = 1:4, var1 = c(1, 0, 0, 1), var2 = c(0, 1, NA, 1))

# 生成颜色分组
data <- data %>%
  mutate(color_group = case_when(
    var1 == 1 & var2 == 1 ~ "双变量激活",
    var1 == 1 ~ "仅var1激活",
    var2 == 1 ~ "仅var2激活",
    TRUE ~ "无激活"
  ))

ggplot(data, aes(x, y, color = color_group)) +
  geom_point(size = 3) +
  scale_color_manual(
    values = c(
      "仅var1激活" = "yellow",
      "仅var2激活" = "blue",
      "双变量激活" = "green",
      "无激活" = "gray"
    ),
    na.value = "gray"
  ) +
  labs(color = "变量状态")

方法2：半透明叠加实现颜色混合 #

如果希望保留两个变量的独立图层，通过半透明让黄色与蓝色叠加呈现绿色，同时统一点大小：

library(ggplot2)

data <- data.frame(x = 1:4, y = 1:4, var1 = c(1, 0, 0, 1), var2 = c(0, 1, NA, 1))

ggplot(data, aes(x, y)) +
  # 绘制var1的点：0=灰色，1=黄色
  geom_point(aes(color = as.factor(var1)), alpha = 0.7, size = 3) +
  # 绘制var2的点：0=灰色，1=蓝色
  geom_point(aes(color = as.factor(var2)), alpha = 0.7, size = 3) +
  scale_color_manual(
    values = c("0" = "gray", "1" = "yellow", "1" = "blue"),
    na.value = "transparent"
  )

说明：方法2中，当var1和var2同时为1时，黄色与蓝色半透明叠加会自然呈现绿色；所有点大小统一为3，修正了原代码大小不一致的问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Wael